2009年初，扬子江药业将集团各地中药研发资源进行了整合，并组建扬子江中药研究院，以泰州中药研究院为中心，现已在北京、南京、上海及各子公司设立中药研究所，现有团队人员80余人，研究生以上学历人员超过80%，涵盖天然药化、制剂学、分析、药理、临床等药物创新研发的各个专业。
现有在研中药1类项目1个、中药6类项目十余项，以心脑血管类、老年病、妇科、儿科以及消化系统用药为主；同时在名优中成药的二次开发、配方颗粒研究、中药大健康产业、中药国际化等方向也做出了成绩。

研究院坚持自研立项与产学研合作齐头并进，3年多来，与中国药科大学、沈阳药科大学、北京大学医学部、哈尔滨医科大学、上海中医药大学曙光医院、龙华医院、北京宽街医院、河南中医学院第一附属医院等30余家科研院所建立了以项目为基础的产学研合作。