2006年，扬子江药业整合集团研发资源组建江苏省（扬子江）新药研究院，该研究院被江苏省委省政府、江苏省科技厅列为省“十一五”重点研发机构项目予以扶持建设。
江苏省（扬子江）新药研究院为“一体三翼”式结构，“一体”指研究院泰州总部，“三翼”指研究院位于北京、上海、南京的三个分院。其中上海、北京、南京研究分院分别从事创新化学药、创新生物药及创新中药的发现、筛选研究，即创新药物的上游技术研究；研究院总部主要从事创新药物的下游技术研究，包括成药性研究、药物制剂技术研究等，形成上下游技术科学分工、合理联动的科研机制。

2008年，扬子江药业投资2亿多元开始在泰州建设研究院新研发大楼，大楼由一幢15层和一幢9层的科研楼及一个学术报告厅组成，总建筑面积3万多平方米，内设标准化合成研究实验室10余个，分析测试实验室20余个，以及制剂小试实验室、中试研究室，分析仪器室、信息情报室、图书室、档案室等各类研究室和职能科室，配备合成反应设备40余套，制粒、混合、压片、制丸、包衣、灌装、冻干等小试设备20余台，高效液相色谱仪、液质联用色谱仪、全自动溶出仪等大型先进的精密设备100余套。目前新研发大楼已建成并顺利投入使用，其平台条件、硬件设施均达到国内一流水平，成为具有江苏特色、适应市场发展的新型自主技术创新中心，研究院将为江苏医药产业的技术跨越与结构调整提供核心技术支撑。