上海海雁医药科技有限公司药物化学部（Medicinal Chemistry）成立于2012年初，是最早成立的部门之一，承担着小分子创新药的靶点评估、药物分子设计、化合物合成以及构效关系研究等工作，配有一流的研发团队和先进的实验设备。目前，团队由2个大组组成，共30余人，核心主管团队包括有国外留学和国际制药公司经验的博士等8人，核心研发成员包括硕士20人、本科4人，致力于开发具有全新结构、具有自主知识产权，满足患者迫切需求的1.1类创新小分子药物。
   药化部与相关研发部门合作进行前期的靶点调研，与生物部、医学部、商务部及市场部等论证靶点的实验可操作性和临床可行性；与计算化学部合作进行先导化合物的分子设计，利用计算化学探索结合空间和作用力；对合成的小分子进行构效关系研究和不断性质优化，获得具有特色、符合预期的药物分子，最终开发出具有更优性质、高安全性的全新药物分子。
    药化部合成实验室拥有一流的实验设备，使得部门的研发运作快速、高效。目前，部门拥有全进口德卡全套通风橱和操作台、德国IKA搅拌器、Buchi旋转蒸发仪、海道夫旋转蒸发仪、东京理化旋转蒸发仪、ISCO Comiflash快速过柱仪、安东帕微波反应器等先进的科研仪器。
   药化分析部采用多台先进的分析仪器设备，包括Agilent、Waters和Gilson等国际一流品牌的HPLC、Prep-HPLC、LC-MS和ELSD等，对前体药物和候选化合物进行定性定量分析和纯化，开发分析方法进行溶解度、稳定性等处方前分析工作。
   药化部已有多个化合物进入临床前及临床研究，其中第一个获批临床的候选化合物YZJ-0318可用于治疗在第一代EGFR抑制剂吉非替尼或厄洛替尼治疗后出现T790M耐药突变的非小细胞肺癌病人。
   上海海雁药化部作为扬子江药业集团创新药研发体系中的创新源头，将继续解放思想，勇于创新，团结一心，肯干苦干，也将会一如既往地同海雁的创新药研发团队一起快速发现临床前候选化合物，为扬子江药业集团的新药研发管线增添更丰富的产品线。